Niidakyô Ajari Nichimoku naît en 1260, dans le village de Hatake, dans le district de Nitta, province d’Izu. Sa mère, Ren’a-ni, est la soeur aînée de Nanjô Tokimitsu. Son nom d’enfance est Toraômaru.
Entrée dans la vie monacale et rencontre avec Nikkô Shonin
A l'âge de treize ans, il entre au temple Izu-san et, en 1274, il assiste à un débat religieux entre Shikibu Sôzu, un moine de ce temple, et Nikkô Shonin. Il décide alors de devenir le disciple de ce dernier. Il se rend à Minobu en 1276 où il prend la tonsure et est ordonné par Nichiren Daishonin. Au cours des six années qui suivent, il sert Nichiren Daishonin avec dévouement, jusqu’au décès de ce dernier. On rapporte qu'il voyage plusieurs fois par jour jusqu'à un ruisseau de montagne pour lui apporter de l'eau, tant et si bien que le poids des baquets d’eau finit par légérement applatir le haut de son crâne.
Nichimoku excelle dans les débats. En 1282, quand Nichiren se rend à la résidence de Ikegami Munenaka, un moine érudit de l’école Tendai, du nom de Ise Hôin, veut se mesurer à lui. Nichiren demande alors à Nichimoku de le représenter, et le jeune moine vainc le lettré du Tendai dans le débat.
Fondation de l'école Fuji auprès de Nikkô
Après la mort de Nichiren, Nichimoku continue d'être le disciple de Nikkô Shonin et prend soin avec lui de la tombe de Nichiren. Il se consacre également à la transmission des enseignements dans la province d’Izu et dans la région d’Oshû au nord, convertissant un grand nombre de personnes et construisant plusieurs temples. En 1289, quand Nikkô Shonin quitte Minobu, il conjugue ses efforts avec ceux de Nanjô Tokimitsu et de quelques autres pour fonder le Taiseki-ji.
Quand le Dai-bô est achevé, en 1290, il reçoit de Nikkô Shonin la transmission de l’enseignement de Nichiren Daishonin. Par reconnaissance, il construit le temple d’accueil du Renzô-bô. Nikkô Shonin, lui ayant confié la responsabilité du Temple principal, part vivre à Omosu en 1298 pour se consacrer à la formation des disciples. En 1332, il lui donne un document de transmission, Les vingt-six articles de prévention de Nikkô, lui confie officiellement le Dai-Gohonzon et le charge de l’administration du Taiseki-ji, ainsi que de l’observance d’une pratique quotidienne pour kosen rufu.
Remontrances aux autorités en tant que troisième grand patriarche
Nichimoku Shonin devient alors le troisième grand patriarche. Au nom de Nichiren Daishonin et de Nikkô Shonin, il fait des remontrances au gouvernement de Kamakura, à la cour impériale, aux nobles de la cour et à des samuraïs importants en une douzaine d’occasions, les exhortant à adopter le bouddhisme de Nichiren Daishonin. En mai 1333, le gouvernement de Kamakura tombe et le pouvoir revient à la cour impériale de Kyoto. Nichimoku Shonin décide une fois encore de faire des remontrances aux nouvelles autorités et les presse d’accepter les enseignements de Nichiren Daishonin.
En novembre de cette même année, ayant transmis la position de grand patriarche à Nichidô Shonin, il part pour Kyoto accompagné par ses disciples Nichizon et Nicbigô. Ce voyage dans le froid est épuisant. Nichimoku décède en route, à Tarui, dans la province de Mino. Ses deux disciples se rendent à Kyoto pour y présenter ses remontrances à sa place. Nichizen y reste tandis que Nichigô revient au Taiseki-ji avec ses cendres.